本院の組織は、異分野融合による新領域の創出を担える人材の養成を実現するために、研究・教育に様々な新しい試みを展開しようとする実践的な学内共同教育研究組織です。本院は、基盤長会議のほか各部局からの代表委員による運営専門委員会によって運営されます。また必要に応じて運営専門委員会にワーキンググループが置かれ、必要事項の調査・検討が行われます。日常業務の執行は総合戦略研究教育企画室が本院の事業の推進、企画・運営にあたります。